Congés Maladie

La réglementation en matière de congé maladie est très complexe et chaque cas est un cas particulier. Nous donnons ci-dessous les grandes lignes et quelques repères importants.

La maladie dûment constatée par un certificat médical ouvre droit d’office à un congé dès lors que l’agent n’est pas en état d’exercer ses fonctions. Le certificat médical doit être transmis à l’autorité administrative dans un délai de 48 heures.

Congé maladie ordinaire

Il peut atteindre 1 an pour une période de 12 mois consécutifs (de date à date). Cela signifie qu’il faut remonter 12 mois en arrière pour calculer, de date à date, le nombre de jours de congés déjà accordés et définir la date à laquelle l’agent atteindra le 3ème mois, le 6ème mois et le dernier jour de son congé (Voir tableau « Récapitulatif des droits »plus bas).

Le Conseil médical (voir plus bas) est obligatoirement saisi pour une prolongation au-delà de 6 mois consécutifs et à l’expiration des 12 mois.

Congé de longue maladie (CLM)

Régime intermédiaire entre le congé de maladie ordinaire et le congé de longue durée (CLD), c’est la maladie qui « met l’intéressé dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions, rend nécessaire un traitement et de soins prolongés et présente un caractère invalidant et de gravité confirmée ». L’imputabilité au service ne peut être invoquée dans ce cas.

Une liste indicative des maladies ouvrant droit au CLM est fixée par arrêté ministériel (14 mars 1986). Elle comporte 12 grands types d’affections plus les 4 maladies qui n’ouvraient droit antérieurement qu’au seul CLD.

Le fonctionnaire ne peut bénéficier d’un autre CLM s’il n’a pas, auparavant, repris ses fonctions pendant 1 an.

Congé de longue durée (CLD)

Il peut être accordé d’emblée pour 4 maladies : tuberculose, maladie mentale, poliomyélite et affections cancéreuses auxquelles s’ajoute, depuis 1997, le SIDA. Cependant si un CLM a été accordé pour l’une des affections invalidantes parmi les 12 citées plus haut, il pourra être suivi par un CLD. Globalement, le CLD est une sorte de prolongement normal d’un CLM à plein traitement quand le reprise de service n’est pas possible, sauf dans le cas où le fonctionnaire ne pouvait prétendre au départ à un CLM.

Donc à l’issue de 1 an de CLM à plein traitement, l’agent pourra être placé en CLD avec effet rétroactif du début du CLM (soit : Droits CLD = 3 ans à plein traitement – 1 an CLM à plein traitement = solde de 2 ans CLD à plein traitement).

Le CLD est accordé une seule fois dans la carrière pour une même affection (total: 5 ans – voir tableau). Les droits sont à nouveau ouverts pour une autre affection.

 Le CLD est de 2 ordres :  – non imputable au service.

   – maladie contractée dans l’exercice des fonctions.

 Les droits respectifs de ces 2 CLD sont différents (Voir tableau « Récapitulatif des droits » plus bas).

Procédure d’attribution d’un CLM ou CLD

Article 24 du décret du 19 avril 1988 (extrait).

 « Pour obtenir un congé de longue maladie ou de longue durée, le fonctionnaire en activité, ou son représentant, doit adresser à l’autorité ayant le pouvoir de nomination une demande appuyée d’un certificat du médecin traitant spécifiant qu’il peut bénéficier des dispositions…. de l’article 41 de la loi du 9 janvier 1986……

Le médecin traitant adresse directement au secrétaire du comité médical compétent un résumé de ses observations et les pièces justificatives….. Au vu de ces pièces le secrétaire du comité médical fait procéder à une contre-visite du demandeur par un médecin agréé, le cas échéant spécialiste. Le dossier est ensuite soumis au comité médical compétent…… Le comité médical transmet son avis à l’autorité investie du pouvoir de nomination. En cas de contestation par cette autorité ou par l’intéressé… l’avis du comité médical est soumis au comité médical supérieur ».

Récapitulatif des droits à congés

Tableau des droits à congés des agents titulaires

Situation de l’agent	Rémunération			Pension d’invalidité	Positions successives
	90% (au lieu de 100% depuis le 01/03/2025)	1/2 traitement ; 2/3 pour 3 enfants à charge	Disponibilité d’office avec prestations Sécurité Sociale
Congé de maladie	3 mois	9 mois suivants	Après 12 mois pendant 3 fois  1 an	Après épuisement des droits à congé de maladie	– Activité : 1 an – Dispo d’office : 3 ou 4 ans – Activité après guérison – Pension invalidité : après expiration des droits à congé (4 ou 5 ans)
Accident de travail ou maladie professionnelle	Jusqu’à reprise du travail ou octroi d’une pension d’invalidité			Dès qu’une incapacité définitive est reconnue	– Activité jusqu’à guérison ou consolidation – Pension invalidité : à partir de la consolidation
Congé de longue maladie	1 an	2 années suivantes	Après 3 ans pendant 3 fois 1 an + 4ème fois 1 an	Après épuisement des droits à congé de maladie. Au plus tard après la 7ème année	– Activité : 3 ans – Dispo d’office : 3 ou 4 ans – Activité après reprise du travail – Pension invalidité : après expiration des droits à congé (6 ou 7 ans)
Congé de longue durée non imputable au service (après expiration du CLM)	3 ans (par 6 mois)	2 années suivantes (par 6 mois)	Après 5 ans pendant 3 fois 1 an + 4ème fois 1 an	Après épuisement des droits à congé de maladie	– Activité : 5 ans – Dispo d’office : 3 ou 4 ans – Activité après reprise du travail – Pension invalidité : après expiration des droits à congé (8 ou 9 ans)
Congé de longue durée pour accident subi ou maladie contractée dans l’exercice des fonctions	5 ans (par 6 mois)	3 années suivantes (par 6 mois)	Après 8 ans pendant 3 fois 1 an + 4ème fois 1 an	Après épuisement des droits à congé de maladie. Taux maximum	– Activité : 8 ans – Dispo d’office : 3 ou 4 ans – Activité après reprise du travail – Pension invalidité : après expiration des droits à congé (11 ou 12 ans)

Ce tableau s’applique à tous les agents affiliés à la CNRACL, c’est à dire y compris aux agents stagiaires dont les droits sont pratiquement identiques.

Compléments de salaire

Les textes prévoient des conditions précises de rémunération pour les différents congés de maladie. Certains organismes assurent des compléments de salaire comme le Comité de Gestion des Œuvres Sociales (CGOS) et certaines Mutuelles.

Le tableau ci-dessous récapitule la part employeur et les compléments versés d’une part par le CGOS et d’autre part par les deux Mutuelles présentes au CHU, la Mutuelle Nationale de Hospitaliers (MNH) et la Mutuelle de France des Hospitaliers (MFH) selon les barèmes 2003.

MALADIE ORDINAIRE

CONGE LONGUE MALADIE

CONGE LONGUE DUREE

Agents contractuels

Les droits à congés maladie des agents contractuels, moins avantageux et liés à l’ancienneté sont résumés dans le tableau ci-dessous :

Situation de l’agent		Rémunération		Commentaires
		90% du traitement depuis le 01/03/2025	50% du traitement
Congé de maladie	Après 4 mois de service	1 mois	1 mois	Si présence < à 4 mois, IJSS sécurité sociale seulement. Congé sans traitement pour 1 an si inaptitude temporaire   Licencié si inaptitude définitive   Salaire = traitement CHUGA – indemnités journalières versées par la Sécurité Sociale.
	Après 2 ans de service	2 mois	2 mois
	Après 3 ans et plus	3 mois	3 mois
Congé de grave maladie Après 3 ans de service		1 an	2 ans	Si reprise 1 an : nouveaux droits acquis Si inaptitude temporaire : congé sans traitement 1 an   Salaire= idem congé maladie
Accident de travail ou maladie professionnelle	Immédiatement	1 mois		Puis indemnités journalières Sécu. jusqu’à guérison
	Après 1 an de service	2 mois		Puis indemnités journalières Sécu. jusqu’à guérison
	Après 3 an de service	3 mois		Puis indemnités journalières Sécu. jusqu’à guérison   Si inaptitude aux fonctions licenciements + rente invalidité Sécu.

Contrôles

L’administration peut, à tout moment, faire contrôler l’agent en congé de maladie, par un médecin agréé. En cas d’absence en dehors des heures de sortie autorisées, l’agent doit justifier son absence. Si la justification est jugée non valable ou si l’agent a refusé le contrôle, il est placé en congé sans traitement au jour du constat de l’absence ou du refus. Si le contrôle a lieu et que l’arrêt maladie est contesté par le médecin agréé, l’agent est mis en demeure de reprendre son service. S’il n’obtempère pas, il est placé en congé sans traitement.

Chaque établissement doit s’attacher un ou plusieurs médecins agréés qui sont inscrits sur une liste établie dans chaque département par le Préfet.

Visite de reprise

Depuis le 1er Février 2016, les modalités de visite de reprise sont modifiés :

– Pour une maladie ou un accident de trajet, d’une durée de 30 jours ou plus, la visite de reprise doit avoir lieu dans un délai de 8 jours.

– Pour un accident du travail, d’une durée de 8 jours ou plus, la visite de reprise doit avoir lieu dans un délai de 8 jours.

– Pour une maladie professionnelle, peu importe la durée, la visite de reprise doit avoir lieu dans un délai de 8 jours.

Il est important de se rappeler que le certificat médical d’accident du travail peut être réalisé par tout médecin (généraliste, spécialiste, médecin du travail).

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Conseil Médical 

Le conseil médical est une instance consultative que les employeurs publics ont l’obligation de saisir préalablement à toute décision relative à la situation administrative d’un agent placé en congé pour raison de santé.